改建完工已使用20多年的跨海大橋，除中央段興建長度975公尺的橋梁，其餘路段均採封閉式路堤方式興建，封閉路堤長度1,519公尺，約占橋梁總長的60%。因路堤阻隔海水交換，嚴重縮減喉門水道寬度，導致澎湖內海水體交換不良，衝擊內海水文生態，間接導致周遭區域漁業資源枯竭。早在2016年，議員陳慧玲就呼籲將大橋路堤拆除重建，挽救澎湖內海的生態浩劫。
陳慧玲認為，跨海大橋的長堤改變整個內海水文生態，是澎湖海域漁業資源日益枯竭的重要因素。因此建議縣政府，爭取經費改建澎湖跨海大橋，拆除兩端凸出妨礙潮水流通共長達1,519公尺的路堤，淨空吼門水道，拯救澎湖內海水文生態，重新設計大橋造型，再創觀光新地標。
陳慧玲說，1970年跨海大橋通車以來即為本縣最重要的觀光地標，為澎湖帶來巨大的觀光收益，1984年起舊橋不堪使用後開始逐步改建。1996年改建完成後雖由單線成為雙線道，但兩端引道伸向吼門水道填築合計長達1519公尺的路堤，使得實際橋長僅有975公尺，完全失去舊橋的雄偉磅礡氣勢，讓遊客一看，十之八九都大失所望。
又表示，澎湖之所以漁產豐富是澎湖位在台灣海峽中段，是難得的淺坪海域。南方黑潮支流和北方親潮的交會，帶來各種迴遊魚在此產卵繁衍幼苗，各種魚類也因覓食而群聚澎湖海域。但根據專家研究，跨海大橋兩端1519公尺長堤縮減吼門水道寬度，不但改變整個內海潮間帶水文，妨礙各式魚貝蝦蟹幼魚的繁殖，也重創澎湖內海海洋生態。
陳慧玲強調，這20年來澎湖海域的漁業資源急速枯竭，和跨海大橋長堤應有絕大的關聯，二崁棲地劣化就是一個很明顯的例子。因此希望縣府向中央爭取重建，拆除兩端路堤，全橋使用橋墩，淨空吼門水道解除封印，以拯救內海水文生態。
對於跨海大橋的改建，縣府已爭取由交通部公路總局補助經費，辦理橋梁改建的可行性評估。工務處長薛文堂表示，未來將評估現況橋梁結構安全及路堤對海岸生態環境的影響；並建立海岸地形水深與漂砂波流場模式，提供將來橋梁設置整建工程規劃及工法驗證評估參考。此外，還會評估路堤拆除、既有橋梁補強或拆除重建等的必要性，並研擬改善或改建方法等。估評結果將做為後續橋梁改建的參考依據。
- 跨海大橋有約6成的長度為封閉式路堤，有阻礙海水交換的疑慮。（縣府提供）
