藿香蓟的花有紫色和白色两种，花色淡雅，具有一定的观赏价值，在很多地方被用做园林观赏花卉或作切花材料。最初可能也是由园林引种而引入中国的。

另外，藿香蓟也具有多方面的药用价值：在非洲、美洲居民中，用它的全草作清热解毒用和消炎止血用。在南美洲，当地居民对用它治妇女非子宫性阴道出血有极高评价。我国民间用全草治感冒发热、疗疮湿疹、外伤出血、烧烫伤等。

藿香蓟的环境适应性很强，且种子产量大，易于传播，所以比较容易在环境适宜的地方形成入侵。它还能对周围的植物产生化感作用，抑制其他植物的生长。在我国西南、华南很多地方已经成为危害作物的一种恶性杂草，并且还有向北蔓延的趋势。

中国科学院西双版纳热带植物园于1963年曾从摩洛哥引种过藿香蓟，现在它已成为部分园区的顽固性杂草，在一定程度上影响了景观和其它植物的生长。由于经常性的人工清除和控制，藿香蓟目前在该园内并没有大面积泛滥，但如何在引种及之后的栽培管理中评估和规避有入侵风险的植物确是应该思考和解决的问题。